Κατά την περίοδο της οθωμανικής κατάκτησης η Πελεκητή απέκτησε αίγλη και ακίνητη γεωργική και δασική περιουσία, ενώ πλούτισε με πολλά αφιερώματα και κειμήλια και επιπλέον με πληθώρα σημαντικών ιερών και διδακτικών βιβλίων. Στο χώρο της δίδαξαν σπουδαίοι μαθητές του Ευγένιου Γιαννούλη και του Αναστάσιου Γόρδιου, όπως ο Θεοφάνης και ο Χριστοφόρος.
Δυστυχώς , όμως, το μοναστήρι αποτέλεσε πολλές φορές (1931,1966,2011) στόχος ιερόσυλων με αποκορύφωμα την κλοπή της μικρής, ιερής και θαυματουργής εικόνας της Παναγίας της Πελεκητής, που έγινε τον Οκτώβριο του 2011 και συγκλόνισε τους πιστούς. Η μονή διασώζει λειψανοθήκες αγίων, Άγιο Ποτήριο του 1647, Σταυρό ευλογίας του 1681, τη σιδερένια σφραγίδα της του 1682, ιερό Ευαγγέλιο του 1588, βιβλίο με τους Μύθους του Αισώπου του 1564 κλπ.
Το έτος 1939 το μοναστήρι αναγνωρίστηκε επίσημα απ΄ την Πολιτεία ως «Ιστορικό Διατηρητέο Μνημείο» και τις επόμενες δεκαετίες ξεκίνησε μεγάλη προσπάθεια για την αναστήλωση και τη διάσωση της μονής και έγιναν σπουδαία έργα απ΄τον καθηγητή Ορλάνδο , τον μηχανικό Καλκετενίδη , την 7η Βυζαντινή Εφορία και τέλος τη δεκαετία του 1990 υπήρξε μια μεγάλη ολική ανακαίνιση της μονής απ΄την ομάδα των μηχανικών Γ. Κωνσταντάκου – Β. Τσολάκη-Λ.Μόσιαλου-Ε. Βαντή , η μελέτη της οποίας βραβεύτηκε απ΄την Ευρωπαϊκή ΄Ενωση .Τα χρόνια αυτά η μονή γνώρισε μεγάλη επισκεψιμότητα και με την βοήθεια των Καρυτσιωτών επιτρόπων εξελίχτηκε σε πανελλήνιο ιερό προσκύνημα. Το έτος 2000 η Μητρόπολη Θεσσαλιώτιδος και Φαναριοφερσάλων επανέφερε τη μονή στον κοινοβιακό της χαρακτήρα. Σήμερα ηγούμενος της μονής είναι ο Αρχ. π. Αμφιλόχιος , που είναι και Πρωτοσύγκελος της Ιεράς Μητρόπολης Θεσσαλιώτιδος.